Bem-vindos ao nosso Workshop!
Sejam bem-vindos ao nosso workshop Noções básicas em softwares para filogenia molecular: do acesso ao GenBank à construção da hipótese filogenética. A sistemática filogenética é uma disciplina central nas Ciências Biológicas e a modernização dos computadores e algoritmos proporcionou uma revolução nos métodos utilizados em filogenia. Pensando nisso, este minicurso tem por objetivo familiarizar os alunos com alguns dos softwares mais utilizados em filogenia molecular, desde a aquisição de sequências em repositórios públicos até a construção das árvores filogenéticas.
Pré-requisitos
Noções básicas de sistemática. Como o minicurso visa a familiarização com os softwares, o mesmo não abordará a teoria dos métodos detalhadamente.
Quando e onde?
22 de julho de 2019
IX Congresso Brasileiro de Herpetologia, Campinas - SP
Material a ser levado pelos alunos
Notebook com os programas a serem utilizados previamente instalados (a seguir). Lembre-se de baixar a versão de acordo com o seu sistema operacional!
- R
- R Studio (necessita do R previamente instalado)
- Mega software
- MAFFT 7
- SequenceMatrix
- PartitionFinder2
- MrBayes 3.2
- FigTree
MUITO IMPORTANTE é que vocês tenham o java e o python 2.7 (a maneira mais fácil de instalar este python é instalar o programa Anaconda). Não é o python 3, tem que ser o python 2!!!
Instrutores
Horário
Cique nos links no quadro abaixo para ver o conteúdo das aulas:
| Horário | Aula | Conteúdo |
|---|---|---|
| 08:00 10:00 |
Introdução | - Introdução ao minicurso - Instalação dos softwares nas máquinas dos alunos - Apresentação da plataforma e aquisição de sequências do GenBank |
| 10:00 12:00 |
Construindo a Matriz | - Alinhamento: qual software utilizar? - Alinhamento: utilizando o software Muscle implementado no programa MEGA - Alinhamento: utilizando o software MAFFT através de linha de comando e servidor online - Concatenamento: programa Sequence Matrix |
| 13:00 14:00 |
Particionando a Matriz e escolhendo o modelo molecular que mais se encaixa nos dados |
- Particionamento da matriz - Escolha do melhor modelo |
| 14:00 16:00 |
Construindo a árvore utilizando inferência Bayesiana |
-O que é inferência Bayesiana? -Introdução ao programa MrBayes |
Agradecimentos
Agradecemos à organização do IX Congresso Brasileiro de Herpetologia por nos proporcionar lecionar esse minicurso!