Bem-vindos ao nosso Workshop!

Sejam bem-vindos ao nosso workshop Noções básicas em softwares para filogenia molecular: do acesso ao GenBank à construção da hipótese filogenética. A sistemática filogenética é uma disciplina central nas Ciências Biológicas e a modernização dos computadores e algoritmos proporcionou uma revolução nos métodos utilizados em filogenia. Pensando nisso, este minicurso tem por objetivo familiarizar os alunos com alguns dos softwares mais utilizados em filogenia molecular, desde a aquisição de sequências em repositórios públicos até a construção das árvores filogenéticas.

Pré-requisitos

Noções básicas de sistemática. Como o minicurso visa a familiarização com os softwares, o mesmo não abordará a teoria dos métodos detalhadamente.

Quando e onde?

15 e 16 de dezembro de 2018
Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)

Material a ser levado pelos alunos

Notebook com os programas a serem utilizados previamente instalados (a seguir). Lembre-se de baixar a versão de acordo com o seu sistema operacional!

  1. R
  2. R Studio (necessita do R previamente instalado)
  3. Mega software
  4. MAFFT 7
  5. SequenceMatrix
  6. PartitionFinder2
  7. JModelTest2
  8. TNT 1.5
  9. RAxML 8.2.10 (baixe a versão PTHREADS-SSE3, AVX ou AVX2, dependendo da idade do seu processador: SS3 para os mais velhos e AVX2 para os mais novos, mais informações no manual).
  10. MrBayes 3.2
  11. FigTree

MUITO IMPORTANTE é que vocês tenham o java e o python 2.7 (a maneira mais fácil de instalar este python é instalar o programa Anaconda). Não é o python 3, tem que ser o python 2!!!

Instrutores

Horário

Cique nos links no quadro abaixo para ver o conteúdo das aulas:

Dia Horário Aula Conteúdo
Sábado (15/12) 08:00
10:00		 Introdução - Introdução ao minicurso
- Instalação dos softwares nas máquinas dos alunos
- Aquisição de sequências do GenBank através da Plataforma R
  10:00
12:00		 Construindo a Matriz - Alinhamento: qual software utilizar?
- Alinhamento: utilizando o software Muscle implementado no programa MEGA 7
- Alinhamento: utilizando o software MAFFT através de linha de comando e servidor online
- Concatenamento: programa Sequence Matrix
  14:00
16:00		 Particionando a Matriz e escolhendo
o modelo molecular que mais se encaixa nos dados		 - Particionamento da matriz: PartitionFinder 2
- Escolha do melhor modelo: PartitionFinder 2 e jModelTest2
  16:00
18:00		 Construindo a árvore utilizando o
critério da máxima parcimônia		 -O que é máxima parcimônia?
-Introdução ao programa TNT
Domingo (16/12) 08:00
10:00		 Construindo a árvore utilizando o
critério da máxima verossimilhança		 -O que é máxima verossimilhança
- Introdução ao programa RAxML
  10:00
12:00		 Construindo a árvore utilizando
inferência Bayesiana		 -O que é inferência Bayesiana?
-Introdução ao programa MrBayes

Agradecimentos

Agradecemos ao RADCamp e seus instrutores, que inspiraram totalmente o formato desse curso e desse site!